- Preondactylia
- Preondactylus
- Austriadactylus
- Caviramidae
- Austriadraconidae
- Seazzadactylus
- Arcticodactylus (= Eudimorphodon cromptonellus)
- Austriadraco
- Rhaeticodactylidae
- Carniadactylus (= Bergamodactylus ; Eudimorphodon rosenfeldi)
- Rhaeticodactylus
- Yelaphomte
- Caviramus
- Pachagnathus
- Austriadraconidae
- Zambellisauria
- Peteinosaurus
- Macronychoptera
- Eudimorphodon
- Dimorphodontidae
- Rhamphinion
- Caelestiventus
- Dimorphodon (= Pterodactylus macronyx ; P. marderi ; Rhamphorhynchus macronyx)
- Novialoidea
- Campylognathoididae
- Campylognathoides (= Pterodactylus liasicus)
- Caelidracones
- Anurognathidae
- Mesadactylus
- Daohugoupterus
- Anurognathinae
- Jeholopterus
- Anurognathus
- Vesperopterylus
- Luopterus
- Dendrorhynchoides
- Batrachognathinae
- Sinomacrops
- Cascocauda
- Batrachognathus
- Breviquartossa
- Rhamphorhynchidae
- Scaphognathinae
- Jianchangnathus
- Fenghuanopterus
- Scaphognathus (= Brachytrachelus ; Pachyramphus ; Pterodactylus crassirostris ; Rhamphorhynchus crassirostris ; Ornithocephalus crassirostris)
- Jianchangopterus
- Rhamphorhynchinae
- Parapsicephalus (= Scaphognathus purdoni ; Dorygnathus purdoni ; Campylognathus purdoni)
- Orientognathus
- Bellubrunnus
- Dorygnathus (= Ornithocephalus banthensis ; Pterodactylus banthensis ; P. goldfussi ; P. gracilirostris ; Rhamphorhynchus banthensis ; R. goldfussi ; Dimorphodon banthensis)
- Klobiodon (= Pterodactylus raptor ; Rhamphocephalus depressirostris)
- Comodactylus
- Rhamphocephalus
- Angustinaripterini
- Harpactognathus
- Qinglongopterus
- Sericipterus
- Dearc
- Angustinaripterus
- Rhamphorhynchini
- Nesodactylus
- Cacibupteryx
- Rhamphorhynchus (= Ornithopterus ; Pteromonodactylus ; Pterodactylus münsteri ; P. hirundinaceus ; P. gemmingi ; P. longicaudus ; Ornithocephalus münsteri ; O. gemmingi ; O. longicaudus ; Odontorhynchus longicaudus)
- Scaphognathinae
- Pterodactylomorpha
- Sordes
- Monofenestrata
- Douzhanopterus
- Melkamter
- Changchengopterus
- Skiphosoura
- Darwinoptera
- Pterorhynchus
- Kryptodrakon
- Ceoptera
- Allkaruen
- Wukongopteridae
- Kunpengopterus
- Archaeoistiodactylus
- Wukongopterinae
- Cuspicephalus
- Wukongopterus
- Darwinopterus
- Pterodactyloidea
- Propterodactylus
- Diopecephalus
- Lophocratia
- Incertae sedis
- Prejanopterus
- Dermodactylus (= Pterodactylus montanus)
- Ningchengopterus
- Archaeopterodactyloidea
- Incertae sedis
- Wenupteryx
- Euctenochasmatia
- Pterodactylidae
- Pterodactylus (= Aerodactylus ; Macrotrachelus ; Ornithocephalus ; Ptenodracon ; Pterotherium ; Rhamphorhynchus scolopaciceps)
- Ctenochasmatoidea
- Gallodactylidae
- Cycnorhamphus (= Gallodactylus)
- Petrodactyle
- Ardeadactylus (= Pterodactylus longicollum ;
- Normannognathus
- Aurorazhdarcho
- Ctenochasmatidae
- Otogopterus
- Pangupterus
- Forfexopterus
- Cathayopterus
- Balaenognathus
- Elanodactylus
- Cratonopterus
- Pterofiltrus
- Kepodactylus
- Gladocephaloideus
- Ctenochasmatinae
- Liaoxipterus
- Ctenochasma (= Ornithocephalus brevirostris ; Ptenodracon brevirostris ; Pterodactylus brevirostris ; P. elegans)
- Pterodaustrini
- Eosipterus
- Pterodaustro (= Puntanipterus)
- Beipiaopterus
- Gegepterus
- Gnathosaurinae
- Tacuadactylus
- Gnathosaurus (= Crocodilus multidens ; Gavialis priscus ; Pterodactylus macrurus)
- Huanhepterus
- Plataleorhynchus
- Lusognathus
- Moganopterinae
- Moganopterus
- Feilongus
- Gallodactylidae
- Pterodactylidae
- Incertae sedis
- Eupterodactyloidea
- Incertae sedis
- Rhamphorhynchidae
- Anurognathidae
- Campylognathoididae