- Pteranodontoidea
- Incertae sedis
- Samrukia
- Piksi
- Santanadactylus
- Pteranodontia
- Nyctosauromorpha
- Alamodactylus
- Cretornis (= Ornithocheirus hlavaci)
- Aponyctosauria
- Epapatelo
- Simurghia
- Alcione
- Nyctosauridae
- Muzquizopteryx
- Barbaridactylus
- Nyctosaurus (= Nyctodactylus ; Pteranodon gracilis ; P. nanus ; P. bonneri)
- Pteranodontidae
- Volgadraco
- Bogolubovia (= Ornithostoma orientalis ; Pteranodon orientalis)
- Tethydraco
- Pteranodon (= Dawndraco ; Geosternbergia ; Ornithochirus ; Ornithostoma ingens)
- Nyctosauromorpha
- Ornithocheiromorpha
- Incertae sedis
- Unwindia
- Lanceodontia
- Incertae sedis
- Draigwenia (= Ptenodactylus platystomus ; Criorhynchus platystomus ; Lonchodectes platystomus ; Ornithocheirus platystomus ; Pterodactylus platystomus ; Amblydectes platystomus )
- Istiodactyliformes
- Yixianopterus
- Hongshanopterus
- Lonchodectidae
- Lonchodectes (= Pterodactylus compressirostris ; Ornithocheirus compressirostris)
- Ikrandraco (= Pterodactylus oweni ; P. microdon ; P. machaerorhynchus ; Ornithocheirus oweni ; O. microdon ; O. machaerorhynchus ; Lonchodectes oweni ; L. microdon ; L. machaerorhynchus ; Lonchodraco microdon ; L. machaerorhynchus)
- Serradraco (= Pterodactylus sagittirostris ; Ornithocheirus sagittirostris ; Ornithodesmus sagittirostris ; Lonchodectes sagittirostris)
- Lonchodraco (= Pterodactylus giganteus ; Ornithocheirus giganteus ; Lonchodectes giganteus ; Pterodactylus conirostris)
- Mimodactylidae
- Haopterus
- Mimodactylus
- Linlongopterus
- Istiodactylidae
- Nurhachius (= Longchengpterus)
- Lingyuanopterus
- Istiodactylinae
- Liaoxipterus
- Istiodactylus (= Ornithodesmus latidens)
- Luchibang
- Ornithocheiriformes
- Boreopteridae
- Zhenyuanopterus
- Boreopterus
- Ornithocheiridae
- Ornithocheirus (= Criorhynchus ; Ptenodactylus ; Osteornis ; Pterodactylus simus)
- Thapunngaka
- Anhangueroidea
- Targaryendraconia
- Saratovia
- Cimoliopteridae
- Camposipterus (= Ptenodactylus nasutus ; P. colorhinus ; Ornithocheirus nasutus ; O. colorhinus)
- Aetodactylus
- Cimoliopterus (= Pterodactylus cuvieri ; Coloborhynchus cuvieri ; Ornithocheirus cuvieri ; O. brachyrhinus ; Ptenodactylus cuvieri ; P. brachyrhinus ; Anhanguera cuvieri)
- Targaryendraconidae
- Targaryendraco (= Ornithocheirus wiedenrothi)
- Aussiedraco
- Barbosania
- Anhangueria
- Hamipteridae
- Iberodactylus
- Hamipterus
- Anhangueridae
- Araripesaurus
- Arthurdactylus
- Tropeognathinae
- Tropeognathini
- Siroccopteryx
- Tropeognathus (= Anhanguera mesembrinus ; Coloborhynchus mesembrinus ; Criorhynchus mesembrinus ; Ornithocheirus mesembrinus)
- Akharhynchus
- Aerodraco (= Pterodactylus sedgwicki ; Ptenodactylus sedgwicki ; Ornithocheirus sedgwicki ; Coloborhynchus sedgwicki ; Camposipterus sedgwicki)
- Amblydectes (= Ornithocheirus crassidens ; O. eurygnathus ; Ptenodactylus crassidens ; P. eurygnathus ; Coloborhynchus crassidens ; Criorhynchus eurygnathus ; Pterodactylus eurygnathus)
- Mythungini
- Mythunga
- Haliskia
- Ferrodraco
- Coloborhynchinae
- Nicorhynchus (= Ptenodactylus capito ; Ornithocheirus capito ; O. reedi ; Pterodactylus capito ; Coloborhynchus capito ; C. fluviferox ; Criorhynchus reedi)
- Coloborhynchus
- Uktenadactylus (= Coloborhynchus wadleighi)
- Anhanguerinae
- Caulkicephalus
- Guidraco
- Ludodactylus
- Anhanguera (= Pricesaurus ; Coloborhynchus araripensis ; C. robustus ; C. piscator ; Araripesaurus santanae ; Tropeognathus robustus ; Santanadactylus araripensis)
- Brasileodactylus (= Cearadactylus; Coloborhynchus ligabuei ; Anhanguera ligabuei)
- Liaoningopterus
- Maaradactylus (= Coloborhynchus spielbergi ; Anhanguera spielbergi)
- Tropeognathini
- Hamipteridae
- Targaryendraconia
- Boreopteridae
- Incertae sedis
- Incertae sedis
- Incertae sedis
- Tapejaroidea
- Germanodactylus
- Tendaguripterus
- Altmuehlopterus
- Dsungaripteridae
- Ordosipterus
- Domeykodactylus
- Benettazhia (= Pteranodon oregonensis)
- Lonchognathosaurus
- Noripterus
- Dsungaripterus
- Azhdarchoidea
- Incertae sedis
- Cimoliornis (= Osteornis diomedius ; Pterodactylus diomedius ; Ornithocheirus diomedius)
- Doratorhynchus (= Pterodactylus validus ; Ornithocheirus validus ; Cycnorhamphus validus)
- Eurolimnornis
- Navajodactylus
- Inabtanin
- Tapejaromorpha
- Thalassordomidae
- Kariridraco
- Thalassodromeus (= Banguela ; Tupuxuara sethi)
- Tupuxuara
- Tapejariformes
- Caupedactylia
- Aymberedactylus
- Caupedactylus
- Eutapejaria
- Palaeocursornis
- Tapejaridae
- Sinopterinae
- Sinopterus (= Huaxiapterus)
- Nemicolopterus
- Afrotapejara
- Huaxiadraco (= Huaxiapterus benxiensis ; Huaxiapterus corollatus)
- Wightia
- Eopteranodon
- Bakonydraco
- Tapejarinae
- Europejara
- Tapejarini
- Tupuandctylus (= Ingridia ; Tapejara imperator ; T. navigans)
- Tapejara
- Vectidraco
- Caiuajarina
- Caiuajara
- Torukjara
- Sinopterinae
- Caupedactylia
- Thalassordomidae
- Azhdarchomorpha
- Keresdrakon
- Concilazhia
- Chaoyangopteridae
- Lacusovagus
- Ornithostoma
- Microtuban
- Apatorhamphus
- Shenzhoupterinae
- Shenzhoupterus
- Eoazhdarcho
- Meilifeilong (= Shenzhoupterus sanyainus)
- Chaoyangopterinae
- Jidapterus
- Chaoyangopterus
- Azhdarchiformes
- Radiodactylus
- Montanazhdarcho
- Alanqidae
- Alanqa
- Keresdrakon
- Xericeps
- Leptostomia
- Argentinadraco
- Azhdarchidae
- Zhejiangopterus
- Mistralazhdarcho
- Aerotitan
- Phosphatodraconia
- Phosphatodraco
- Aralazhdarcho
- Eurazhdarcho
- Wellnhopterus
- Azhdarchinae
- Azhdarcho
- Quetzalcoatlida
- Hatzegopterygia
- Tsogopteryx
- Albadraco
- Galgadraco
- Hatzegopteryx
- Cryodrakon
- Quetzalcoatlini
- Nipponopterus
- Gobiazhdarcho
- Serpennata
- Thanatosdrakon
- Infernodrakon
- Arambourgiania (= Titanopteryx)
- Quetzalcoatlus
- Hatzegopterygia
- Chaoyangopteridae
- Incertae sedis